近日，南华大学附属第二医院李国庆教授团队在微生物领域核心期刊Microbiology Spectrum（中科院1区Top，IF: 9.04）上发表了题为“Long-Read- and Short-Read-Based Whole-Genome Sequencing Reveals the Antibiotic Resistance Pattern of Helicobacter pylori”的研究性论文（2023 Apr 17;e0452222.doi: 10.1128/spectrum.04522-22.https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37067452/）。
幽门螺杆菌（H.pylori）感染是引起消化性溃疡及胃癌的最重要原因，且全球感染率高达50%。近年来幽门螺杆菌耐药率不断上升，且耐药率分布存在地区和人群特异性。在此之前尚无针对本地区的H.pylori的抗生素耐药模式研究。
本研究中，李国庆教授团队针对本地区的H. pylori.的耐药性进行了检测（克拉霉素、甲硝唑、左氧氟沙星、阿莫西林、四环素和呋喃唑酮），并将以桑格测序为金标准的Illumina 短读测序方法和基于纳米孔测序长读测序方法在其准确性上进行了比较。
研究发现，本中心的幽门螺杆菌对甲硝唑，克拉霉素和左氧氟沙星的耐药率很高（耐药率分别为61.5%、38.5%、27.9%），而对四环素或呋喃唑酮则没有耐药性。这些结果可为本地医生根除幽门螺杆菌的抗生素选择提供一线参考。纳米孔测序是近期开发的一种高效测定全基因组序列的技术，具有高效和便捷两种优势，但测序读取的错误率也相对较高。在这项研究中，比较了纳米孔测序和 Illumina 测序在决定克拉霉素抗性的23S rRNA 基因中单核苷酸变异的准确定，研究者发现尽管有一些错误的发现，但纳米孔测序与 Illumina 测序显示出良好的一致性，表明它是预测克拉霉素抗性的潜在工具。
南华大学附属第二医院临床研究中心消化内科实习研究员胡立苗、消化内科研究生曾熙为本文共同一作，消化内科李国庆教授、助理研究员刘罗根博士为本文通讯作者。南华大学附属第二医院消化内科为第一署名单位，该研究由衡阳分子诊断与精准医学重点实验室和湖南省胃癌防治临床研究中心课题支持。
