一、奠定初心使命 （1956-1965年）
1956年，为提高人民的卫生保健水平和加快卫生教育事业发展，国家批准建立湖南省衡阳医学院，开办医疗和卫生学专业。华国锋同志担任筹备委员会副主任。
1958年，衡阳医学院首届招生。
1959年6月4日，湖南医学院党委形成《关于支援衡阳医学院的几项原则意见》。
1958-1961年，招收本、专科学生981人。在艰苦条件下，师生一边学习、一边建校、一边下放农村除害灭病。
1961年10月，成立的教研组26个。
1962年7月，衡阳医学院首届招生的卫生学专修科58级学生毕业。
二、历经曲折办学（1965-1976年）
1964年，国民经济好转，湖南省卫生厅筹划复办衡阳医学专科学校，1965年9月复办开学。
1972年，湖南省革委会生产指挥组下发《关于将衡阳市一医院划归衡阳医学专科学校作为附属医院的通知》（湘生字[1972]226号）。
开展生产实习，开展支农劳动，开展短期培训，培养工农兵学员2594人。
三、全面加快发展（1977-1999年）
1977年，国家进入社会主义现代化建设新时期，衡阳医学院恢复本科建制，各项事业得到恢复和发展。
1978年9月，湖南省编委下发《关于同意成立衡阳医学院肿瘤防治研究室、心血管疾病防治研究室的通知》，编制18人。
1981年，学院首批获得学士学位授予权。
学院先后开办不同层次、不同学制的本专科专业26个，到1999年，本科专业调整到8个：临床医学、卫生检验、妇幼卫生、护理学、预防医学、麻醉学、医学检验、医学影像学。 其中临床医学专业、眼耳鼻喉科学专业于1987年被确定为省级重点专业。
1986年，被国家教委批准为硕士学位授予单位，同时取得病理生理学硕士学位授予权。
1996年，病理生理学专业杨永宗教授被湖南医科大学遴选为博士生导师。
1998年，药理学、肿瘤学、病原生物学、外科学被增列为硕士学位点。
1983-1999年，从省内外调进具有硕士学位的教师56人，具有副高级职称的教师5人；选派国内高访学者105人；送出优秀中青年教师在职定向培养取得博士学位11人，取得硕士学位26人；选派学科带头人和骨干教师赴国外考察学习5批16人次，选派青年教师出国留学22人，赴国外参加学术活动16人次；邀请国外专家来院讲学与合作指导20余人次；从美国英语语言学会聘请文教专家来院担任英语教学23位。
到1999年底，院本部教职工896人，其中专任教师411人。三所附属医院职工2200余人。学校和附属医院共有正高职称人员100人，副高职称人员139人，中级254人；具有博士学位者11人，硕士学位者82人。
拥有湖南省跨世纪学术和技术带头人后备人选6人，湖南省普通高校学科带头人3人，湖南省优秀中青年专家4人，湖南省普通高校青年骨干教师30人。享受国务院政府特殊津贴专家11人，全国人大代表1人，全国优秀教师5人，湖南省优秀教师19人。1998年3月，余麟教授获“林宗扬医学教育奖”。1999年4月，外籍教师Mr.John Tofari获湖南省教委颁发的“芙蓉奖”。
1989年，省级重点课程：组织胚胎学、微生物学、生物化学、药理学、儿科学（附一）、内科学（附二）。
1989年，高校群众体育“优秀单位”。1992年体育“达标优秀单位”。1994年，高校优秀体育课程。
1980-1999年期间，出版教材和参考书144部。
1988-1997年，获教学成果奖14项，其中，国家级优秀教学成果优秀奖1项，国家级优秀教学成果二等奖1项；获省级教学成果一等奖2项、二等奖1项、三等奖9项。
1999年《中国教育报》报道衡阳医学院“四段式”教学改革。
1983年，78级305名学生参加卫生部组织的全国44所高等医学院校统考，名列第16位。
1984年，79级278名学生参加卫生部组织的全国46所高等医学院校统考，名列第7位。
1987年，85级学生第一次参加全国大学生英语考试，平均成绩高出全国一般院校10.3分，高出全国重点院校2.11分。
77级学生汪鼎林被国家教委、中宣部联合授予“八十年代优秀大学毕业生”光荣称号。
78级学生刘芳被评为“湖南省最佳医师”。
84级学生王辉跃志愿参军到了被称为“夹皮沟”的空军航空兵86452部队驻地,被评为所在师“优秀共青团员”。
1994年，获评全国毕业生分配先进集体。
1995年，94级学生王晓旭参加中华全国学生联合会第二十二次代表大会。
1990、1993、1995、1996、1997年，被团中央、国家教委、中宣部、全国学联授予“三下乡”社会实践先进单位称号。
1998年，设立“松霖奖学金”。
1999年，教育部和团中央授予杨震同学全国三好学生。
1989年，成立肿瘤研究所、心血管病研究所。
1992年，病理学、病理生理学、组织胚胎学、微生物学、分子生物学被批准为省级重点学科。
取得科研项目与成果
1978-1999年，获得国家、省部级、厅级科研课题359项，其中，国家自然科学基金项目14项。1978-1999年获科技成果奖63项，其中，卫生部科学大会奖1项，湖南省科学大会奖10项，省部级科技成果奖28项，厅市级科技成果奖23项。
1983年，衡阳地区人民医院划转为衡阳医学院附属医院。
1997年，湖南省结核病防治医院划转为衡阳医学院附属医院。
1999年，共有附属医院4所：直属型附一医院、附二医院、附三医院、协作型附属怀化医院；教学医院10所；教学基地3处；实习医院5所。
1994年12月，附一、附二医院被确认为三级甲等医院。
1958-1999年共培养学生25827人，其中全日制本科10704人，全日制专科4896人，硕士生招生150人，短训班677人，成教本科1928人，成教专科7472人。
四、合并创新跨越（2000-）
2000年，与中南工学院合并成立南华大学。
2003年，获基础医学博士学位授予权（病理学与病理生理学）。
2009年，获批基础医学一级学科博士后科研流动站。
2010年，获批国家一类特色专业2个（临床医学、预防医学）。
2011年，开始留学生教育。
2012年，临床医学专业立项“十二五”湖南省综合改革试点专业，2016年延续至“十三五”。
2012年，获国家级首批卓越医生本科教育培养模式改革项目2项。
2012年，正式成为湖南省一本招生高校（2005年开始在海南省等一本招生）。
2013年，获批国家级卓越医生研究生教育培养模式改革项目1项。
2014年，临床医学专业通过教育部临床医学专业认证有效期6年，2020年延长4年。
2016年，临床医学进入ESI全球学科排名前1%。
2017年，获批国家临床教学培训示范中心。
2017年，获批国家疑难病症诊治能力提升工程（心血管）。
2018年，恢复“南华大学衡阳医学院”名称。
2018年，护理学专业通过教育部临床医学专业认证有效期6年。
2018年，新增临床医学一级学科博士点。
2018年，基础医学入选湖南省国内一流培育学科。
2019年，新增附属长沙中心医院和附属公共卫生医院。
2020年，医教研协同创新改革，完善衡阳医学院的医学教育和医院管理职能。
2021年，新增附属第七医院（湖南省荣军医院整建制转隶）。
2022年，新增附属妇幼保健院。
